V druhé dekádě 20. století natrvalo převážil jeho zájem o filosofii, podnícený úvahami Poincarého, Macha, Einsteina i Bergsona. V dubnu 1919 se spisem Úvahy o  názoru v  matematice habilitoval pro filosofii matematiky, v roce 1921 byl jmenován mimořádným a v roce 1924 řádným profesorem filosofie exaktních věd na Přírodovědecké fakultě UK. Jeho aktivity ve dvacátých letech byly obdivuhodné: přednášel na univerzitě i ve vědeckých společnostech o noetických otázkách přírodních věd, spolu­založil a redigoval časopisy Ruch filosofický a Filosofii, vedle četných studií, článků a recenzí vydal Skepsi a gnósi (1921), Kantovu filosofii ve svých vztazích k vědám exaktním (1924), Polemos (1926), Dvě studie o Masarykově filosofii (1926), Americkou filosofii (1929), reprezentoval na filosofických kongresech (Neapol, Cambridge, Varšava). Jako filosofická osobnost byl nepřehlédnutelný, s velkým osobním nasazením se účastnil dobových sporů s prof. F. Krejčím a E. Rádlem a přispěl k výrazné polarizaci české filosofie. Jeho životní dráha se uzavřela v necelých padesáti letech, 15. ledna 1929.