Středoškolská studia v letech 1950–1954 ve scénickém oddělení Vyšší školy uměleckého průmyslu a studium vysokoškolské v letech 1954–1958 na Divadelní fakultě Akademie múzických umění v Praze (obor loutkářská scénografie a režie) do značné míry předurčily další tvůrčí vývoj. Nestudoval film ani jeho techniku — snad i v této skutečnosti je možné hledat důvody nezatíženosti „filmovým uměním“ s jeho přílišnou oddaností technickému médiu i skličující receptivnosti v tomto směru. Prvně se s filmem prakticky seznamuje v Laterně magice, kde působí určitý čas jako režisér. První film Poslední trik pana Schwarcewaldea a pana Edgara natáčí v Krátkém filmu Praha v roce 1964. Ve své filmové tvorbě se věnuje krátkým animovaným i hraným celovečerním snímkům. Tvůrčí mnohostrannost Jana Švankmajera se však vymyká hranicím filmu a od konce padesátých let je autor též činný v oblasti samostatného výtvarného projevu. Jeho slovesný projev obsahuje především filmové scénáře, taktilní básně a divadelní aktovky, činnost teoretická je pak převážně zaměřená na zkoumání fenoménu hmatu a imaginace. Od roku 1970 je jeho tvorba úzce spjata i s aktivitou Surrealistické skupiny v Praze. V roce 2018 vychází v nakladatelství dybbuk jeho první román Cesty spasení.